Suche fertige pilzsystematische Ordnerstruktur

  • Hallo zusammen,


    ich bin auf der Suche nach einer fertigen Ordnerstruktur mit allen Unterordnern entsprechend der derzeitigen Pilzsystematik von den Abteilungen bis hinunter zu den Gattungen, die ich auf meine Festplatte kopieren kann.


    Ich habe bereits damit begonnen, musste aber feststellen, dass das manuelle Anlegen aller Ordner / Unterordner etc. sehr arbeitsintensiv ist und vermutlich Wochen dauert.


    Beispiel:
    ABTEILUNGEN (-mycota)
    UNTERABTEILUNGEN (-mycotina)
    KLASSEN (-mycetes)
    UNTERKLASSEN (-mycetidae)
    ORDNUNGSGRUPPEN (-anae)
    ORDNUNGEN (-ales)
    UNTERORDNUNGEN (-ineae)
    FAMILIEN (-aceae)
    GATTUNGEN


    Eine Kopie als komprimierte Datei (*.zip o.ä.) wäre ideal.


    Ich würde mich freuen, wenn jemand helfen kann.

  • Hallo Udo,


    wenn Du eine gute Vorlage in Excel hättest, in der in jeder Spalte die entsprechende Hierarchieebene ist, wäre das Erzeugen der Ordner eine Kleinigkeit.
    Das geht auch in den neusten Windows-Versionen am besten mit DOS-ähnlichen Scripten mit Befehlen ("Batch-Dateien", .bat) , die man über ein Textprogramm erstellt hat.


    Du brauchst nur einen Befehl


    mkdir <name> erzeugt ein (Unter-)Verzeichnis, und ggf. auch gleich die nötigen Überverzeichnisse


    wenn Du also folgenden Code ausführst:

    Zitat

    mkdir Agaricales\Tricholomataceae\Tricholoma
    mkdir Agaricales\Tricholomataceae\Clitocybe
    mkdir Agaricales\Tricholomataceae\Lepista

    hast Du einen kleinen Ausschnitt von dem was Du suchst.


    So ein Script lässt sich aus einer geeigneten Quelle leicht (halb)automatisch erstellen. Dann als Textdatei mit der Endung .bat abspeichern, an die gewünschte Stelle kopieren und darauf doppelklicken. Und fertig.


    Grüße,



    Wolfgang

  • Hallo Wolfgang,


    die Idee ist nicht schlecht.


    Eine Word-Datei habe ich mir heute Morgen aus hoffentlich aktuellen Daten von NCBI zusammengestellt.
    Ich hoffe dass es mir gelungen ist, alle Arten und nicht benötigte Hierarchien zu eleminieren.


    Nur, wie bekomme ich möglichst komfortabel die gesamte Hierarchie entsprechend mit "slash" als Trennzeichen in eine Textdatei?
    Das Word-Dokument füge ich mal bei.


    Ferner füge ich mein bisher erstelltes (noch unvollständiges) Dateisystem mal als Muster bei.

  • Hallo Udo,


    ich fürchte, mit der Word-Datei ist als Quelle zunächst wenig anzufangen, weil das Einrücken, das die Gliederungsebene angibt, schwer auszuwerten ist


    Ich hänge mal ein Excel-sheet (genauer gesagt, ein Excel-Export aus OpenOffice, ich hoffe Excel versteht das... ) an, das die geeignete Struktur und eine VERKETTEN-Funktion zur Erzeugung der mkdir-Befehle enthält.



    Grüße,



    Wolfgang

  • Vielen Dank Wolfgang,


    das hilft mir sehr viel weiter.


    Die Formel in der letzten Spalte werde ich noch an meine Laufwerksstruckturen anpassen und mkdir vorsorglich um "-p" ergänzen.


    Du hast die Verzeichnisse durch Backslashes getrennt. Falls nötig ersetze ich sie durch Slashes.


    In den nächsten Tagen stehen dann auch die erwähnten Inkonsistenzen etc. auf meinem Arbeitsplan.


    Nochmals vielen Dank!


    Beste Grüße Udo

  • Hallo Udo,


    der Schalter -p ist, glaube ich, nur bei Linux. Genauso wie Slash statt Backslash.
    Zumindest mein Windows 7 oder braucht -p nicht und legt Überverzeichnisse einfach so an.


    Um individuelle Laufwerksstrukturen brauchst Du Dich auch nicht zu kümmern, wenn Du das Script im gewünschten Hauptverzeichnis startest.


    Nett wäre, wenn Du die entgültige Version des Scriptes dann hier allen Lesern zur Verfügung stellen würdest...


    Grüße,



    Wolfgang

  • Hallo zusammen,


    ich habe mal vor einiger Zeit eine Gattungsübersicht auf Grundlage der Beilage der letzten Auflage des Abbildungsverzeichnisses erstellt. Das ist zwar nicht mehr der neueste Stand, aber vielleicht hilft es irgendwie weiter. Zumindest wird es der eine oder andere sicherlich gebrauchen können.


    Best Grüße
    Harald

  • Hallo Wolfgang,


    der Schalter -p ist, glaube ich, nur bei Linux. Genauso wie Slash statt Backslash.
    Zumindest mein Windows 7 oder braucht -p nicht und legt Überverzeichnisse einfach so an.


    Da hast Du vollkommen Recht. Ich hatte die Hilfefunktion zu dem Befehl in der Eingabeaufforderung aus der Erinnerung aus den 90ern nicht sofort aufrufen können und das Internet (Wikipedia.org) bemüht. Dort sind offenbar die alten DOS-Befehle erläutert. Ich habe seit drei Wochen auch Windows 7 und werde es einfach mal ausprobieren.


    Nett wäre, wenn Du die entgültige Version des Scriptes dann hier allen Lesern zur Verfügung stellen würdest...


    Ist doch selbstverständlich.


    Allerdings wird das noch einige Zeit dauern.


    Bei näherer Durchsicht stellte sich heraus, dass doch noch eine ganze Reihe von manuellen Änderungen und Anpassungen notwendig sind.



    Ich versuche aber dran zu bleiben.

  • Hallo Harald,


    sorry, ich habe Deinen Beitrag erst jetzt gesehen. Vermutlich, weil wir fast zur gleichenZeit einen Beitrag verfasst haben.


    Deine Übersicht hatte ich bereits 2008 bekommen und mit weiteren Übersichten in meine ersten Überlegungen einbezogen.


    Ich bin sicher, dass Deine Übersicht für viele Pilzinteressierte, mich eingeschlossen, sehr interessant sein dürfte.


    Inzwischen strebe ich eine sehr umfangreiche Lösung an. Wolfgang hatte da ja die zündende Idee mit der Batch-Datei.
    Aus den 18.000 Datensätzen meiner Quelle habe ich inzwischen alle Artnamen herausgenommen. Die restlichen 3.940 Datensätze versuche ich jetzt so aufzuarbeiten, dass ich zu jeder Hierarchiestufe eine Spalte mit dem jeweiligen Namen erzeuge, die am Schluss für eine *.bat-Datei mit den entsprechenden Befehlen zusammengefasst werden.


    Das ist bei 10 Spalten leider nicht so einfach, weil im Umfeld der "incertae sedis"-Einträge aber auch bei Wechseln ab der 3. bis 9. Hierarchieebene es derzeit Probleme mit den Funktionen in den Formeln gibt, da teilweise falsche Werte ausgeworfen werden.
    Muss ich wohl noch dran arbeiten. Zum Glück sind die Funktionen für "Wenn" und "Oder" in der Office 2010 Version nicht mehr auf 6 Klammer-Ebenen beschränkt.
    Die Gattungen (10. Spalte) konnte ich auf diese Weise bereits fehlerfrei extrahieren. Die Formeln in den anderen Spalten muss ich bei Gelegenheit anzupassen versuchen.
    Die manuelle Berichtigung ist doch deutlich aufwendiger als ich dachte. Ich habe das erst einmal zurückgestellt.

  • Hallo zusammen,


    nach intensiver Beschäftigung mit der Struktur der Datenquelle konnte ich mit Hilfe der Excel-Funktionen Formeln entwickeln, welche die Ursprungsdaten auf die 10 Hierarchieebenen verteilt und die Verwendung für eine Batch-Datei ermöglicht.


    Wie versprochen, füge ich die fertige Batch-Datei als Anlage bei. Die Endung "txt" muss nur durch "bat" ersetzt werden.


    Ich habe mir in meinem Pilzverzeichnis einen neuen Ordner "Fungi" angelegt, die Batch-Datei hineinkopiert und ausgeführt.


    Innerhalb ca. einer Minute ist das Verzeichnissystem dann fertig.


    Ich hoffe, dass sich keine nennenswerten Fehler eingeschlichen haben und ihr mit dem Ergebnis arbeiten könnt.


    Vielen Dank nochmal an Wolfgang für die Idee mit der Batch-Datei und seine Musterdatei mit den ersten Formeln.


    Beste Grüße Udo



    NACHTRAG: Die neueste und letzte Version (SytemFungi_Verzeichnisstruktur_Vers03.txt) findet ihr weiter unten im Beitrag vom 14. Februar 2015, 11:22

  • Hallo Udo,


    eine super Sache - aber leider funktioniert sie noch nicht so richtig.
    Das Herunterladen und ausführen ging einwandfrei. Ich hatte dann verschiedene Ordner, unter anderem diese beiden:
    mitosporic Ascomycetes
    mitosporic Basidiomycetes.


    Bei den mitosporic Basidiomycetes befinden sich nur 7 Ordner mit mir unbekannten ?Ordnungen
    Bei den mitsporic Ascomycetes dagegen befindet sich alles möglich, auch ein Ordner "Basidiomycota (basidiomycetes)", der allerdings leer ist. Ferner ein Ordner "Agaricomycotina", der sieht gut aus. Und eben auch noch andere, die hier sicherlich nicht rein gehören ("mitosporic Pucciniomycetes, ....).


    beste Grüße,
    Andreas

  • Hallo Andreas,


    Ich hatte dann verschiedene Ordner, unter anderem diese beiden:
    mitosporic Ascomycetes
    mitosporic Basidiomycetes.


    Meinst Du hier *mycota? Die befinden sich bei mir auch auf mycota-Ebene. Ließ sich wegen der gleichen Endung "mycota" leider nicht besser machen. Müsste manuell verschoben werden.


    Bei den mitosporic Basidiomycetes befinden sich nur 7 Ordner mit mir unbekannten ?Ordnungen
    Bei den mitsporic Ascomycetes dagegen befindet sich alles möglich, auch ein Ordner "Basidiomycota (basidiomycetes)", der allerdings leer ist. Ferner ein Ordner "Agaricomycotina", der sieht gut aus. Und eben auch noch andere, die hier sicherlich nicht rein gehören ("mitosporic Pucciniomycetes, ....).


    Ich schicke Dir per Mail mal die Basisdaten als Word-Document (133 Seiten) und die Excel-Datei, die darauf basiert. Daraus lassen sich die Zuordnungen besser erkennen.

  • Hallo Udo,


    ich fürchte leider, Andreas hat recht und Du hast uns eine falsche Version des Scriptes zur Verfügung gestellt.


    Der Fehler beginnt mit der Zeile:


    Code
    mkdir mitosporic_Ascomycota\Basidiomycota(basidiomycetes)\


    Kann es sein, dass die Übersetzung in Klammern Deine Excel-Formel ausgetrickst hat?


    Diese Klammerausdrücke hatte ich manuell gelöscht.


    Grüße,


    Wolfgang

  • Hallo Wolfgang und Andreas,


    ich fürchte leider, Andreas hat recht und Du hast uns eine falsche Version des Scriptes zur Verfügung gestellt.


    Der Fehler beginnt mit der Zeile: mkdir mitosporic_Ascomycota\Basidiomycota(basidiomycetes)\


    Ihr habt Recht, es ist die falsche Version. In meiner aktuellen Exceltabelle gibt es die Zeile gar nicht. Der einzige Eintrag in Klammern ist "Microsporidia(microsporidians)". Den habe ich jetzt gelöscht.


    Da ist offenbar beim Kopieren mit mehreren Versionen der Batch-Datei etwas falsch gelaufen. Ich habe die Excel-Daten nochmals in eine Textdatei kopiert.


    Die aktuelle Version findet ihr als Anhang.

    NACHTRAG: Die neueste und letzte Version (SytemFungi_Verzeichnisstruktur_Vers03.txt) findet ihr weiter unten im Beitrag vom 14. Februar 2015, 11:22

  • Hallo Udo,


    erstmal vielen Dank, das sieht schon viel besser aus.


    Leider hab' ich immer noch einen Verbesserungswunsch :(


    Code
    mkdir Basidiomycota\Agaricomycotina\Agaricomycetes\Boletales\Boletineae\Boletales\Boletaceae\Xerocomus\
    mkdir Basidiomycota\Agaricomycotina\Agaricomycetes\Agaricales\Agaricales\Tricholomataceae\Clitocybe\


    Irgendwie ist die Ordnung doppelt?
    Aber bei manchen Ordnungen ist noch eine Unterordnung dazwischen, bei anderen nicht, das macht eine Bereinigung in der Textdatei sehr schwierig - guckst Du Dir bitte Deine Excel-Formel nochmal an, oder hängst hier auch das Excel an?


    Danke und Grüße,


    Wolfgang

  • Hallo zusammen,


    inzwischen habe ich noch eine ganze Reihe von Verbesserungen / Änderungen in der Datei zur Erstellung der Verzeichnisstruktur vorgenommen.
    Die jetzt vorliegende Version 3 (Anhang) entspricht weitgehend meinen ursprünglichen Vorstellungen.


    Eigentlich wollte ich ja auch, wie Andreas, nur von Leuten „parasitieren“, die so etwas bereits fertig in der „Schublade“ haben.


    Es hat dennoch Spaß gemacht, nach langer Zeit mal wieder Formeln mit diversen Excel-Funktionen zu erstellen, um das jetzige Ergebnis zu erzielen.


    Vielen Dank noch einmal auch an Wolfgang, der mir mit Tipps und konstruktiver Kritik zu Seite stand.


    Hinweis:
    Wie bereits weiter oben beschrieben, muss die Datei-Endung "txt" durch "bat" ersetzt werden. Dann die Datei in einen neuen Ordner (z.B. "Fungi") kopieren, der die Verzeichnisstruktur später beinhalten soll. Per Doppelklick auf die Datei startet dann das Programm.

  • Hallo Udo,
    Kompliment, dass sieht ja schon mal nicht schlecht aus.
    Mit deinen neuen Kenntnissen ist es doch bestimmt kein Problem, die "Incertae sedis" als eigenen Ordner jeweils mit einzubinden, also ohne sie mit der übergeordneten Klassifikationsstufe mit Unterstrichen verbunden als Ordner anzulegen?
    Ansonsten würde ich mich über eine eMail mit der Excel freuen und mir das selbst umstellen.
    Hast du jezt die Ordnerstruktur nach den Gattungen, die in D vorkommen, aufgebaut oder die in der EU vorkommen?


    LG nach Bochum, Jens

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