Ein paar Fakten, Ideen und Fragen

    • Ein paar Fakten, Ideen und Fragen

      Hallo,

      der ja nun sehr aktuelle Tricholomaartikel aus Persoonia 38 zeigt in der Sektion GENUINA die interessanten Artengruppen, Wisst ihr ja schon...
      In der Sektion sind ja nicht viele Sequenzen zu den hier interessierenden Arten, aber es sind auch keine dabei, die bei ITS irgendwie in die Nähe von T.populinum, T. albobrunneum oder T. pessundatum stehen und sich nicht woanders zuordnen ließen. Wurden die nur nicht mit aufgenommen oder gibt es keine? T. tridentinum und T. cedrodorum scheinen da aber dasselbe zu sein. Aber bei nur einer Sequenz jeweils? Wie aussagestark ist die Info?
      Sollte man nicht mal in den Datenbanken nach noch mehr womoglich in die Sektion Genuina passenden Sequenzen schauen und womoglich entdecken, dass es da noch welche gibt, die sich nicht einfach so zuordnen lassen? Also den Baum bei den Genuine mit allen Sequenzen quasi nachbauen und mit den eigenen und weiteren aus dem Netz präzisieren?

      Hier sind nochmal weitere populinum-Sequenzen aufgeführt:T.populinum

      Ich habe die Zusammenfassung des Tricholomaartikels mit Hilfe von Google und co. übersetzt (Zusammenfassung Tricholoma Persoonia 38.pdf). Weil, was ich da durchaus bemerkenswert finde, ist, dass die Hutfarbe, Huthautaufbau, Schnallen ja/nein und Sporengrößen ganz gut zur Sektionierung passen sollen. Im Gegensatz zu Ring j/n oder Mykorrihza-Partner. Also ich verstehe das so, dass die laut ITS nahe verwandten Arten durchaus ganz verschiedene Baumarten als Partner haben können.
      Ob die Sporengrößen auch über die Sektionierung hinaus als morphologische Unterscheidungsmerkmale dienen können, werden wir ja noch sehen.

      Kann man eigentlich daraus schließen, dass Hutfarbe, Huthautaufbau, Schnallen und Sporengröße auch mit Hilfe der ITS-Sequenz gesteuert werden?
      Von Geschmack steht da jedenfalls erstmal nichts.

      LG, Jens
    • Krötenhocker schrieb:

      Ich habe die Zusammenfassung des Tricholomaartikels mit Hilfe von Google und co. übersetzt (Zusammenfassung Tricholoma Persoonia 38.pdf). Weil, was ich da durchaus bemerkenswert finde, ist, dass die Hutfarbe, Huthautaufbau, Schnallen ja/nein und Sporengrößen ganz gut zur Sektionierung passen sollen. Im Gegensatz zu Ring j/n oder Mykorrihza-Partner. Also ich verstehe das so, dass die laut ITS nahe verwandten Arten durchaus ganz verschiedene Baumarten als Partner haben können.
      Hallo Jens,

      ganz falsch hast du es nicht verstanden. ;) Die Feststellung der Autoren betrifft in diesem Fall den (untersuchten) Halsbandritterling.
      Dieser wurde lange Zeit, aufgrund der äußeren Erscheinung, in der Sektion Caligata geführt. Die Zugehörigkeit zu einer Sektion wird hier mit mikroskopischer Eigenschaften begründet, also Sporen, Schnallen, Aufbau Huthaut etc., was sicher auch Sinn macht. Man muss ja nur mal daran riechen. Vor allem wurde die Verwandtschaft auch genetisch belegt.

      Dass eng verwandte Arten bei gänzlich verschiedenen Bäumen auftauchen, ist ja nicht neu. Hier zum Beispiel T. populinum und T. stans / T. pessundatum.

      Dass die Amerikaner ein Dutzend Kollektionen Pappelritterlinge untersucht hatten, war mir neu. Man wollte wohl herausfinden, ob und wie weit sich die Populationen aus Nordamerika und Nordeuropa auseinander entwickelt haben. Noch interessanter wird das Ganze, falls es mehr als einen Pappelritterling geben sollte. Ich habe den Bericht aber nur kurz überflogen.

      Grüßlis Ingo
    • Moin!

      Das ist ja auch ein interessanter Artikel, der erste. :thumbup:
      Kannte ich noch nicht!

      Aber wo wir gerade dabei sind: Wie sieht's eigentlich aus mit einer Literatursammlung?
      Da sind freilich auch unsere anderen Mitstreiter gefragt (Konrad? Stefan? Wo seid ihr?).
      Die Problematik ist halt, was wir mit Artikeln machen, die nicht frei verfügbar (weil kostenpflichtig) sind. Die können wir hier nicht einstellen, sollten wir dann aber immerhin in einer "Quellenliste" anführen (und ggfs. zumindest untereinander austauschen, nur zur vorübergehenden Einsicht selbstverständlich).

      Das Blöde ist: Bei etlichen Artikeln, die ich so angesammelt habe, weiß ich momentan gar nicht mehr, ob die "frei" sind. Finde ich aber raus, bevor ich was einstelle. Ideal wären dann eh Links zum Download beim veröffentlichen Organ.


      LG; pablo.
    • Hallo Pablo,

      ich verlinke ja fast grundsätzlich, wo es möglich ist. Aber bevor du dich da für deine Artilkel doofsuchst, kannst du doch ohne weiteres nur für die Mitstreiter deine Artikel bei einem Dateihoster hoch laden und allen einen Link zukommen lassen.
      Hab ich gedacht. Aufgrund des wissenschaftlichen Ansatzes. Hier kann man was dazu lesen. Das gilt aber nur bis 3. 2018. Was dann kommt, weiß ich nicht. Aber so wie ich das verstehe, dürfen wir uns nur wohl nur Hardcopies machen. Was für ein Unsinn für wissenschaftliches Arbeiten. Kann man also wohl nur per PM lösen.
      Gerade zu Tricholoma kann ich aber nur bedingt was beisteuern.

      LG, Jens
    • Hi,

      ich bin schon noch da; leider gerade absolut durch die FA-arbeit und sonstigen Dingen gerade mehr als ausgelastet. Ich komme einfach nicht dazu, meine Ritterlingskollektionen hier noch einzustellen und mit euch zu diskutieren.

      Nur noch 1-2 Sachen zur ITS für dich zum Verständnis Jens. Die ITS ist ein Teil der Ribosomalen DNA, die teilweise hochkonserviert ist; d.h. wenigen Mutationen im Laufe der Evolution ausgestzt war, aber sich trotzdem genug unterscheidet, um viele Arten sicher zu unterscheiden und auch zu bestimmen. Es hat sich herausgestellt, dass es bei vielen Pilzarten ein ideales Modell, bzw. Kriterium darstellt, um Verwandtschaftsverhältnisse zu klären. Die ITS verschlüsselt auch keine Eigenschaften, wie z.B. den bitteren Geschmack oder so. Dafür sind andere Gene zuständig.

      l.g.
      Stefan
      Auf der Suche nach dem heiligen (Pilz)Gral ;)
    • Hallo Stefan,

      Danke für deine Ausführungen. Wenn ITS so hochkonservativ ist, dann sind diese Genabschnitte ja theoretisch nicht gut gegeignet, um jüngere Mutationen (gemeinsame Vorfahren für den Knoten) darzustellen, die Ingo vermutet.. Leider ist es so, dass, je mehr ich über die Praktiken der Vergleiche unter den Sequenzen lese, mein Glauben in diese Verfahren sinkt. Die angewandten statistischen Verfahren (Bootstrap oder Maximum Likelihood) sind ja nicht gerade als scharf im Sinne der Statistik anzusehen. Und wie man die Gaps usw. bewertet scheint auch individuell und damit subjektiv zu sein.
      Ich lese mich da aber immer noch ein.
      Demnächst melde ich wohl mich als Gaststudent in der Uni in Bochum an... Scherz. Aber da könnte ich dann die Fragen klären, die mich zu den Vergleichsverfahren bewegen.

      Wenn ich die gleichen Sequenzen benutze, müsste ich nach den den "Gesetzen" der Wissenschaft ja das Ergebnis reproduzieren können. Ich bin da sehr neugierig, ob mir das gelingt.

      LG, Jens
    • Moin.

      Es ist wohl mit den genetischen Informationen so wie bei ungefähr allen anderen merkmalen auch: Es baut sich auf Erfahrungswerte auf. ITS scheint ja zB weniger konservativ zu sein als LSU. Aber eben konservativ genug, um nicht im kurzzeitigen Entwicklungsverlauf einer Art zu stark zu variieren. Heißt: Es gibt sicher Abschnitte der DNA einer Spezies, die bei jedem Individuum unterschiedlich sind. Also solche Sequenzen x einer Art y sagen nichts aus, weil sie immer anders sind.
      Bei sehr konservativen Sequenzen wie LSU dürfte man das Problem haben, daß sie bei sehr vielen Arten einer Gattung oder Gattungsgruppe gleich sind (macht also mehr Sinn, wenn man weitere Verwandschaftsbeziehungen zB zwischen Gattungen und Familien beobachten will). ITS scheint irgendwo dazwischen zu stehen. Natürlich gibt es immer Unwägbarkeiten, so gibt es anscheinend Gattungen, in denen die ITS zu konservativ ist, um sie als Merkmal zur Arttrennung zu verwenden. Und es soll wohl im Gegenzug Gattungen / Artengruppen geben, wo die ITS schon zu wenig konservativ ist, so daß innerhalb einer Art mehrere Sequenzen vorkommen können.


      LG, Pablo.