GBOL Datensätze

  • Hallo Jens,


    laut GBOL werden die Sequenzdaten nach der Prüfung in der internationalen BOLD Datenbank hinterlegt (http://www.boldsystems.org/). Die einzelnen universitären Arbeitsgruppen werden sie aber auch publizieren, so daß sie außerdem in den großen Sequenzbanken (z.B. NCBI, EBI) zu finden seien sollten.
    Hoffe da findest du die Sequenzen die du suchst.


    Gruß
    Kristian

  • Hallo Kristian,


    Ich habe mir mal einen Pilz herausgesucht und dies ist die Kopie der Excel-Zeile:


    Botanic Garden and
    Botanical Museum Berlin-Dahlem
    Pollichia Pilzherbar
    Russula pectinatoides var. pseudoamoenolens
    subspecies
    pectinatoides
    52738922
    Y
    http://data.gbif.org/species/browse/taxon/52738922
    http://data.gbif.org/species/52738922



    Wenn ich jezt im von dir angegeben link bei boldsystems nach Russula pectinatoides var. pseudoamoenolensi suche, finde ich nichts. Auch die Suche nach Russula pectinatoides ergibt keine Treffer. Ich mach mir jetzt nicht die Mühe, nach der Synonymisierung zu schauen. Die angegebenen Datensätze bei GBOL haben wohl keine hinterlegten Sequenzen?


    LG, Jens

  • Hallo Jens,


    ohne, das ich da jetzt selbst alles verstanden habe, aber ich glaube nicht das man GBIF (Global Biodiversity Information Facility) und GBOL (German Barcode Of Life) gleichsetzen kann. GBOL ist so wie ich es verstehe ein Teil von IBOL (International Barcode Of Life), und alles vieleicht so etwas wie ein kleines Unterprojekt von GBIF.


    Daher kannst man meiner Meinung nach nicht annehmen, das alle Arten die im GBIF aus Herbarien hinterlegt sind, auch wirklich sequenziert sind (oder werden), was vieleicht erklärt warum du keine Sequenz zu deiner verlinkten Russula pectinatoides var. pseudoamoenolens findest.


    So wie ich das GBOL verstanden habe, sind das über das BMBF (Bundesministerium für Bildung) geförderte, universitäre Arbeitsgruppen, welche sich mit bestimmten Familien der Fauna, Flora oder Funga auseinandersetzen, und so nach und nach alle in Deutschland vorkommenden Arten zusammentragen wollen. In der ersten Periode des GBOL waren aber wohl von den Pilzen nur die Puccinales dabei.
    Die Antragsperiode für die Fortsetzung dieses GBOL Projektes über weitere 3-5 (?) Jahre läuft gerade, und da sind wohl auch einige mykologische Arbeitsgruppen beteiligt (wenn sie bewilligt werden), welche dann in Zukunft ihre jeweiligen Ordnungen oder Familien bearbeiten und sequenzieren werden.


    Beste Grüße


    Kristian


    https://www.bolgermany.de/https://www.bolgermany.de/

  • Hallo,



    So wie ich das GBOL verstanden habe, sind das über das BMBF (Bundesministerium für Bildung) geförderte, universitäre Arbeitsgruppen, welche sich mit bestimmten Familien der Fauna, Flora oder Funga auseinandersetzen, und so nach und nach alle in Deutschland vorkommenden Arten zusammentragen wollen. In der ersten Periode des GBOL waren aber wohl von den Pilzen nur die Puccinales dabei.
    Die Antragsperiode für die Fortsetzung dieses GBOL Projektes über weitere 3-5 (?) Jahre läuft gerade, und da sind wohl auch einige mykologische Arbeitsgruppen beteiligt (wenn sie bewilligt werden), welche dann in Zukunft ihre jeweiligen Ordnungen oder Familien bearbeiten und sequenzieren werden.


    ja, exakt, genau so ist es.


    GBIF und GBOL haben meiner Meinung nach überhaupt nichts miteinander zu tun, außer dass die Abkürzungen ähnlich klingen.


    beste Grüße,
    Andreas

  • Hallo Kristian,


    Edit: Hallo Andreas,

    ohne, das ich da jetzt selbst alles verstanden habe, aber ich glaube nicht das man GBIF (Global Biodiversity Information Facility) und GBOL (German Barcode Of Life) gleichsetzen kann. GBOL ist so wie ich es verstehe ein Teil von IBOL (International Barcode Of Life), und alles vieleicht so etwas wie ein kleines Unterprojekt von GBIF.


    Die GBIF-links kommen aus dem Datensatz, den ich bei GBOL bekomme, bzw. herunterladen kann. Also scheinen die sich schon einmal eine DB zu teilen. Wie der Rest zusammenhängt, habe ich noch nicht versucht zu recherchieren. Anscheinend wird dort mit vielen leeren Datensätzen gearbeitet. Die links führen jedenfalls alle nur zur Anzeige der Art/Gattung.
    Ich will mal nichts unterstellen, aber:
    Ist wahrscheinlich eine super durchdachte Geldmaschine. Bekommen 5 Mio., geben 1 Mio. aus für ein paar Sequenzierungen, die dann auch noch andere machen. Rest sind die Kosten für DB, Server, Domain und Personal.


    Neeeee..., geht ja gar nicht. Sind ja öffentliche Gelder. da wird man ja irgendwo einsehen können, was damit alles bezahlt wird...


    Die Antragsperiode für die Fortsetzung dieses GBOL Projektes über weitere 3-5 (?) Jahre läuft gerade, und da sind wohl auch einige mykologische Arbeitsgruppen beteiligt (wenn sie bewilligt werden), welche dann in Zukunft ihre jeweiligen Ordnungen oder Familien bearbeiten und sequenzieren werden.

    Kannst du das mit den beteiligten mykologischen Arbeitsgruppen belegen? Ach und das mit der Antragsperiode auch?


    LG, Jens

  • Ich habe heute Abend noch ein wenig gesucht.
    Zu deiner ersten Frage bezüglich der Beziehung zwischen GBIF und GBOL:


    Quelle: http://www.senckenberg.de/file…er_2012_droege_gbif-d.pdf

  • zur zweiten Frage:

    Zitat

    Kannst du das mit den beteiligten mykologischen Arbeitsgruppen belegen? Ach und das mit der Antragsperiode auch?

    A) Untersuchte Pilze in der jetzigen Antragsperiode:

    Zitat

    Pilze - Pucciniales

    (https://www.bolgermany.de/gbol…ruppen/landpflanzen-pilze)


    bearbeitet von

    • Zitat

      Pucciniales:

      • Dr. Markus Scholler (SMNK)
      • Dr. Matthias Lutz (Universität Tübingen)
      • Dr. Wolfgang Maier (JKI) (assoziiert)

    (https://www.bolgermany.de/team/projekte#GBOL3)
    B) Laufzeit der jetzigen Förderperiode:

    Zitat

    GBOL ist ein deutschlandweites Verbundprojekt, das vom Bundesministerium
    für Bildung und Forschung (BMBF) mit insgesamt 5 Millionen Euro für
    eine Laufzeit von zunächst 3,5 Jahren gefördert wird (Start des
    Projektes: Februar 2012).

    (http://www.leibniz-verbund-bio…ue-projekte/gbol-projekt/)


    Begonnen, soweit ich gelesen habe, im November 2011. Läuft also bis Anfang 2015.


    C) Laufzeit und Gruppen in einer 2. Förderperiode:


    Es ist nicht untypisch, sich lange vor Beginn einer Verlängerung zusammenzusetzen, und diese zu Beantragen. Vom Antrag bis zur Zusage kann 1/2 - 1 Jahr vergehen, und davor muss man wissen mit wem man etwas beantragen will, und den Antrag schreiben. Der hat fast nur Erfolg, wenn eine dementsprechende Expertise nachgewiesen werden kann, und wenn der Antragsteller nachweisen kann, das er selbst über die Antragszeit noch eine Stelle hat.
    Daher wahrscheinlich die "Werbung" der DGFM sich an diesen Vorgesprächen zu beteiligen, um auf der einen Seite universitäre Mykologen, die ja auch Mitglied in der DGFM seien können, zu unterstützen, und auf der anderen Seite weitere Experten (auch unter den "Amateuren"), die nicht an Universitäten sitzen, davon zu unterichten und evtl. einzubinden.


    Die Laufzeit wird wahrscheinlich wieder bei 3,5 Jahren liegen (weis ich aber nicht, kann auch mehr oder weniger sein),.


    Die Gruppen wirst du erst offiziell kennen, wenn der Antrag genehmigt ist, und diese anfangen zu arbeiten. Wenn du da mitarbeiten möchtest, würde ich mit Andreas sprechen, der wissen könnte, wer an dem Antrag mitarbeiten wird)


    D)

    Zitat

    Neeeee..., geht ja gar nicht. Sind ja öffentliche Gelder. da wird man ja
    irgendwo einsehen können, was damit alles bezahlt wird...

    Genau, kann man einsehen, publizieren sie sogar auf ihrer Homepage: https://www.bolgermany.de/news-publikationen


    Zu Bedenken, das erst gearbeitet wird, und die Publikationen meist erst in der 2. Hälfte des Projektes kommen, und dann auch nicht unbedingt direkt hier eingetragen werden. Aber dem BMBF gegenüber sollten sie aufgezeigt werden, sonst wird die Anschlußfinanzierung schwierig.



    Beste Grüße


    Kristian

  • Hallo kristan,


    Zu deiner ersten Frage bezüglich der Beziehung zwischen GBIF und GBOL:

    Die Frage habe ich nirgendwo gestellt, eher du dir selbst.



    Da sind also die DNA-Samples und werden doch nicht in http://www.boldsystems.org/ hinterlegt?

    DNA-Daten -> DNA-Bank-Netzwerk/GGBN

    Na, wenn hier die Sequenzen landen, dann hier die Summen, die dort publiziert werden:


    GGBN Counts


    Samples Online = 70,194


    Taxa Online = 17,046


    Collections Online = 10




    Irgendwie sieht das alles nicht besonders aufgeräumt aus, oder? Wenn man erst das halbe Internet durchlesen muß, um dieses Ergebnis zu finden. Und dann nur 70000 für einen Global Player...
    Und da liege ich dann mit meiner 1 Mio. Schätzung doch ganz gut.
    Und welche Nation macht ein Komma als 1000er Notation? Das sieht mir aber sehr nach Phishingsites aus. Es wird allgemein vor solchen offensichtlich unprofessionell gemachten Sites gewarnt! Achtung, nicht ansurfen....


    Viel mehr würden mich aber deine Antworten auf die 2. Frage interessieren, da diese ja zukunftsweisende Priorität auch für die DGfM hat.


    EDIT: Jetzt sind doch schon Antworten zu 2. da. Habe wohl selber noch zu lange recherchiert. Darauf kann ich aber erst morgen eingehen.



    LG, Jens


    P.s.: Übrigens danke, dass du deine Quellen mit angibst.

  • Hallo Kristian,


    Zu D)


    Genau, kann man einsehen, publizieren sie sogar auf ihrer Homepage: https://www.bolgermany.de/news-publikationen


    ich finde da nur News. Habe ich weiterführende Links übersehen?
    Wo sehe ich denn, wer wirklich und mit wieviel unterstützt wird.



    Die Gruppen wirst du erst offiziell kennen, wenn der Antrag genehmigt ist, und diese anfangen zu arbeiten. Wenn du da mitarbeiten möchtest, würde ich mit Andreas sprechen, der wissen könnte, wer an dem Antrag mitarbeiten wird)

    Danke für dein Angebot, aber ich könnte bestimmt auch selber mit Andreas sprechen. Immerhin scheint er ja laut deiner Aussage an einem Antrag zu arbeiten und hat dann wohl noch ein paar Jahre Zeit. Denn, wenn ich es richtig verstanden habe, sind wir (Amateur/Profi)-Mykologen da wohl schon (wieder?) raus. Dazu gibt es eine eMail , die Peter Specht erhielt, weshalb die DGfM jetzt auch die Werbung für GBOL von der HP entfernt hat.


    LG, Jens

  • Moin!


    Zitat

    Wo sehe ich denn, wer wirklich und mit wieviel unterstützt wird.

    wer unterstützt wird siehst du da:
    (https://www.bolgermany.de/team/projekte#GBOL3)


    Mit wieviel jeder Einzelne unterstützt wird ist glaube ich nicht für Außenstehende einzusehen.



    Zitat

    Danke für dein Angebot, aber ich könnte bestimmt auch selber mit Andreas
    sprechen. Immerhin scheint er ja laut deiner Aussage an einem Antrag zu
    arbeiten und hat dann wohl noch ein paar Jahre Zeit. Denn, wenn ich es
    richtig verstanden habe, sind wir (Amateur/Profi)-Mykologen da wohl
    schon (wieder?) raus.

    Da hast du mich falsch verstanden, bzw. ich habe mich missverständlich ausgedrückt. Ich meinte damit eher ein "ich an deiner Stelle". Andreas kenne ich aucch nicht persönlich, und weiß auch nicht, ob er da mitarbeien wird. Aber er erwähnte in einem vorherigen Post (jedenfalls habe ich es so verstanden), das er dies mit den Amaniten versuchen wird. Und er war wohl auf dem Treffen und kennt daher am ehesten die einzelnen Gruppen die mitarbeiten wollen.


    Ich selbst bin weder dem Projekt nahestehend, noch im Präsidium aktiv. Ich finde es nur interessant, und habe von daher versucht dir mit meinem zugegeben beschränkten Wissen zu antworten so gut ich konnte.


    Gruß und ein schönes Wochenende


    Kristian

  • Andreas Kunze

    Hat das Label Expertenthema hinzugefügt.

Jetzt mitmachen!

Sie haben noch kein Benutzerkonto auf unserer Seite? Registrieren Sie sich kostenlos und nehmen Sie an unserer Community teil!