Posts by UdoA

    Hallo Chris und Andreas,


    in den einzelnen Foren kann man zwar nach "Zugriffen" sortieren, es werden danach aber keine Zugriffszahlen angezeigt.
    Lediglich die Anzahl der Beiträge erscheint.
    Kann man da nicht noch eine Spalte mit der Zugriffszahl einfügen?
    Würde mich sehr interessieren, weil das Interesse an einem Thema nicht unbedingt durch die Anzahl der Beiträge repräsentiert wird.


    LG Udo

    Hallo zusammen,
    ich hatte in den 70ern das gleiche "Phänomen" in einem vergessenen Schraubglas im Keller, das mit einem Rest Kirschwein gefüllt war. Ursprünglich wollte ich den Wein eigentlich vesuchweise brennen.
    Das Teil war damals ca. 14cm lang und hatte einen Durchmesser von ca. 5cm.
    Eigentlich dachte ich auch an einen Pilz, weil die Konsistenz ziemlich fest, fast gummiartig war.
    Meine damaligen mikroskopischen Untersuchungen ergaben jedoch keinen Hinweis auf irgendwelche pilzlichen Bestandteile.
    Meine Vermutung ging daher auch in Richtung Bakterien. Habe es dann aber nicht mehr weiterverfolgt (Internet gab es ja da noch nicht).
    Um so mehr freut es mich, dass dieses Geheimnis jetz plausibel eine Richtung bekommt (Essigmutter bzw. Kombucha o.ä.).
    Einen deutlichen Essiggeruch konnte ich allerdings nicht wahrnehmen. Passt das dennoch zu Essigmutter?


    Nachtrag: aufgeschnitten war das Teil übrigens schwammartig grob gekammert.

    Quote

    Ja, die "Myxomyceten" von Neubert et. al. habe ich.


    Gut zu wissen. Ich melde mich, wenn ich mal nicht weiter weiß.


    Ich habe auch schon mehrfach überlegt, mir die drei Bände anzuschaffen. Aber es kommen immer wieder neue Bestimmungsbände für Blätterpilze auf den Markt und die sind mir z.Zt. wichtiger. Im Augenblick warte ich auf Band 4 des Pilzkompendium.


    Quote

    Das Problem bei den Myxos ist aber dann doch, dass man halt nicht allzu viele Arten rein makroskopisch sicher bestimmen kann - ich jedenfalls nicht.


    Ich auch nicht. Gilt übrigens für die meisten Pilze. Dafür habe ich das Mikroskop.


    Schönes Wochenend noch.

    Hallo,


    Quote

    Das ist zwar ganz nett, aber soweit ich das sehen kann, fehlen die Mikrozeichnungen in dem Buch, richtig? Insofern wohl zum Bestimmen eher weniger geeignet, denke ich mal?


    Mikrozeichnungen zu den jeweiligen Arten sind nicht enthalten. Es sind jedoch die mikroskopischen Merkmale beschrieben (Sporengößen und -ornament, Capilitium etc.).


    Die Fotos und Beschreibungen sind m.E. jedoch sehr aufschlussreich.


    Wer mehr will, wird sich sicherlich mit weiterführender Literatur für einige hundert Euro (z. B. "Die Myxomyceten" von NEUBERT / NOWOTNY / BAUMANN) befassen müssen.


    Deshalb schrieb ich auch: "Ein guter Einstieg in die Welt der Myxomyceten".

    Hallo Jens und Andreas,


    danke für euer Lob :)


    Mit deinen neuen Kenntnissen ist es doch bestimmt kein Problem, die "Incertae sedis" als eigenen Ordner jeweils mit einzubinden, also ohne sie mit der übergeordneten Klassifikationsstufe mit Unterstrichen verbunden als Ordner anzulegen?
    Ansonsten würde ich mich über eine eMail mit der Excel freuen und mir das selbst umstellen.


    Ich schicke Dir die kompletten Excel-Daten zu. Bei den "incertae sedis" handelt es sich um Ordner, in denen sich je nach Hierarchieebene weitere Ordner befinden können. Die Arten habe ich aus allen Ordnern entfernt.


    Hast du jezt die Ordnerstruktur nach den Gattungen, die in D vorkommen, aufgebaut oder die in der EU vorkommen?


    Bei den über 62.000 Datensätzen (incl. Arten) des NCBI (National Center for Biotechnology Information), http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi, würde ich davon ausgehen, dass es keine territorialen Begrenzungen gibt.

    Hallo zusammen,


    inzwischen habe ich noch eine ganze Reihe von Verbesserungen / Änderungen in der Datei zur Erstellung der Verzeichnisstruktur vorgenommen.
    Die jetzt vorliegende Version 3 (Anhang) entspricht weitgehend meinen ursprünglichen Vorstellungen.


    Eigentlich wollte ich ja auch, wie Andreas, nur von Leuten „parasitieren“, die so etwas bereits fertig in der „Schublade“ haben.


    Es hat dennoch Spaß gemacht, nach langer Zeit mal wieder Formeln mit diversen Excel-Funktionen zu erstellen, um das jetzige Ergebnis zu erzielen.


    Vielen Dank noch einmal auch an Wolfgang, der mir mit Tipps und konstruktiver Kritik zu Seite stand.


    Hinweis:
    Wie bereits weiter oben beschrieben, muss die Datei-Endung "txt" durch "bat" ersetzt werden. Dann die Datei in einen neuen Ordner (z.B. "Fungi") kopieren, der die Verzeichnisstruktur später beinhalten soll. Per Doppelklick auf die Datei startet dann das Programm.

    Hallo Wolfgang und Andreas,


    ich fürchte leider, Andreas hat recht und Du hast uns eine falsche Version des Scriptes zur Verfügung gestellt.


    Der Fehler beginnt mit der Zeile: mkdir mitosporic_Ascomycota\Basidiomycota(basidiomycetes)\


    Ihr habt Recht, es ist die falsche Version. In meiner aktuellen Exceltabelle gibt es die Zeile gar nicht. Der einzige Eintrag in Klammern ist "Microsporidia(microsporidians)". Den habe ich jetzt gelöscht.


    Da ist offenbar beim Kopieren mit mehreren Versionen der Batch-Datei etwas falsch gelaufen. Ich habe die Excel-Daten nochmals in eine Textdatei kopiert.


    Die aktuelle Version findet ihr als Anhang.

    NACHTRAG: Die neueste und letzte Version (SytemFungi_Verzeichnisstruktur_Vers03.txt) findet ihr weiter unten im Beitrag vom 14. Februar 2015, 11:22

    Hallo Andreas,


    Ich hatte dann verschiedene Ordner, unter anderem diese beiden:
    mitosporic Ascomycetes
    mitosporic Basidiomycetes.


    Meinst Du hier *mycota? Die befinden sich bei mir auch auf mycota-Ebene. Ließ sich wegen der gleichen Endung "mycota" leider nicht besser machen. Müsste manuell verschoben werden.


    Bei den mitosporic Basidiomycetes befinden sich nur 7 Ordner mit mir unbekannten ?Ordnungen
    Bei den mitsporic Ascomycetes dagegen befindet sich alles möglich, auch ein Ordner "Basidiomycota (basidiomycetes)", der allerdings leer ist. Ferner ein Ordner "Agaricomycotina", der sieht gut aus. Und eben auch noch andere, die hier sicherlich nicht rein gehören ("mitosporic Pucciniomycetes, ....).


    Ich schicke Dir per Mail mal die Basisdaten als Word-Document (133 Seiten) und die Excel-Datei, die darauf basiert. Daraus lassen sich die Zuordnungen besser erkennen.

    Hallo zusammen,


    nach intensiver Beschäftigung mit der Struktur der Datenquelle konnte ich mit Hilfe der Excel-Funktionen Formeln entwickeln, welche die Ursprungsdaten auf die 10 Hierarchieebenen verteilt und die Verwendung für eine Batch-Datei ermöglicht.


    Wie versprochen, füge ich die fertige Batch-Datei als Anlage bei. Die Endung "txt" muss nur durch "bat" ersetzt werden.


    Ich habe mir in meinem Pilzverzeichnis einen neuen Ordner "Fungi" angelegt, die Batch-Datei hineinkopiert und ausgeführt.


    Innerhalb ca. einer Minute ist das Verzeichnissystem dann fertig.


    Ich hoffe, dass sich keine nennenswerten Fehler eingeschlichen haben und ihr mit dem Ergebnis arbeiten könnt.


    Vielen Dank nochmal an Wolfgang für die Idee mit der Batch-Datei und seine Musterdatei mit den ersten Formeln.


    Beste Grüße Udo



    NACHTRAG: Die neueste und letzte Version (SytemFungi_Verzeichnisstruktur_Vers03.txt) findet ihr weiter unten im Beitrag vom 14. Februar 2015, 11:22

    Hallo Harald,


    sorry, ich habe Deinen Beitrag erst jetzt gesehen. Vermutlich, weil wir fast zur gleichenZeit einen Beitrag verfasst haben.


    Deine Übersicht hatte ich bereits 2008 bekommen und mit weiteren Übersichten in meine ersten Überlegungen einbezogen.


    Ich bin sicher, dass Deine Übersicht für viele Pilzinteressierte, mich eingeschlossen, sehr interessant sein dürfte.


    Inzwischen strebe ich eine sehr umfangreiche Lösung an. Wolfgang hatte da ja die zündende Idee mit der Batch-Datei.
    Aus den 18.000 Datensätzen meiner Quelle habe ich inzwischen alle Artnamen herausgenommen. Die restlichen 3.940 Datensätze versuche ich jetzt so aufzuarbeiten, dass ich zu jeder Hierarchiestufe eine Spalte mit dem jeweiligen Namen erzeuge, die am Schluss für eine *.bat-Datei mit den entsprechenden Befehlen zusammengefasst werden.


    Das ist bei 10 Spalten leider nicht so einfach, weil im Umfeld der "incertae sedis"-Einträge aber auch bei Wechseln ab der 3. bis 9. Hierarchieebene es derzeit Probleme mit den Funktionen in den Formeln gibt, da teilweise falsche Werte ausgeworfen werden.
    Muss ich wohl noch dran arbeiten. Zum Glück sind die Funktionen für "Wenn" und "Oder" in der Office 2010 Version nicht mehr auf 6 Klammer-Ebenen beschränkt.
    Die Gattungen (10. Spalte) konnte ich auf diese Weise bereits fehlerfrei extrahieren. Die Formeln in den anderen Spalten muss ich bei Gelegenheit anzupassen versuchen.
    Die manuelle Berichtigung ist doch deutlich aufwendiger als ich dachte. Ich habe das erst einmal zurückgestellt.

    Hallo Wolfgang,


    der Schalter -p ist, glaube ich, nur bei Linux. Genauso wie Slash statt Backslash.
    Zumindest mein Windows 7 oder braucht -p nicht und legt Überverzeichnisse einfach so an.


    Da hast Du vollkommen Recht. Ich hatte die Hilfefunktion zu dem Befehl in der Eingabeaufforderung aus der Erinnerung aus den 90ern nicht sofort aufrufen können und das Internet (Wikipedia.org) bemüht. Dort sind offenbar die alten DOS-Befehle erläutert. Ich habe seit drei Wochen auch Windows 7 und werde es einfach mal ausprobieren.


    Nett wäre, wenn Du die entgültige Version des Scriptes dann hier allen Lesern zur Verfügung stellen würdest...


    Ist doch selbstverständlich.


    Allerdings wird das noch einige Zeit dauern.


    Bei näherer Durchsicht stellte sich heraus, dass doch noch eine ganze Reihe von manuellen Änderungen und Anpassungen notwendig sind.



    Ich versuche aber dran zu bleiben.

    Vielen Dank Wolfgang,


    das hilft mir sehr viel weiter.


    Die Formel in der letzten Spalte werde ich noch an meine Laufwerksstruckturen anpassen und mkdir vorsorglich um "-p" ergänzen.


    Du hast die Verzeichnisse durch Backslashes getrennt. Falls nötig ersetze ich sie durch Slashes.


    In den nächsten Tagen stehen dann auch die erwähnten Inkonsistenzen etc. auf meinem Arbeitsplan.


    Nochmals vielen Dank!


    Beste Grüße Udo

    Hallo Wolfgang,


    die Idee ist nicht schlecht.


    Eine Word-Datei habe ich mir heute Morgen aus hoffentlich aktuellen Daten von NCBI zusammengestellt.
    Ich hoffe dass es mir gelungen ist, alle Arten und nicht benötigte Hierarchien zu eleminieren.


    Nur, wie bekomme ich möglichst komfortabel die gesamte Hierarchie entsprechend mit "slash" als Trennzeichen in eine Textdatei?
    Das Word-Dokument füge ich mal bei.


    Ferner füge ich mein bisher erstelltes (noch unvollständiges) Dateisystem mal als Muster bei.

    Files

    • fungi.zip

      (146.1 kB, downloaded 224 times, last: )
    • Fungi_NCBI.zip

      (151.42 kB, downloaded 342 times, last: )

    Hallo zusammen,


    ich bin auf der Suche nach einer fertigen Ordnerstruktur mit allen Unterordnern entsprechend der derzeitigen Pilzsystematik von den Abteilungen bis hinunter zu den Gattungen, die ich auf meine Festplatte kopieren kann.


    Ich habe bereits damit begonnen, musste aber feststellen, dass das manuelle Anlegen aller Ordner / Unterordner etc. sehr arbeitsintensiv ist und vermutlich Wochen dauert.


    Beispiel:
    ABTEILUNGEN (-mycota)
    UNTERABTEILUNGEN (-mycotina)
    KLASSEN (-mycetes)
    UNTERKLASSEN (-mycetidae)
    ORDNUNGSGRUPPEN (-anae)
    ORDNUNGEN (-ales)
    UNTERORDNUNGEN (-ineae)
    FAMILIEN (-aceae)
    GATTUNGEN


    Eine Kopie als komprimierte Datei (*.zip o.ä.) wäre ideal.


    Ich würde mich freuen, wenn jemand helfen kann.